При наличии положительного сальдо ЕНС в первую очередь списывается недоимка по НДФЛ, начиная с наиболее раннего момента её возникновения. Во вторую – НДФЛ с момента возникновения обязанности по его перечислению налоговым агентом. При получении уведомления об исчисленной и удержанной налоговым агентом сумме НДФЛ до наступления срока его перечисления, налоговый орган не позднее следующего дня проведёт зачёт в пределах суммы, указанной в уведомлении и обязанность по уплате НДФЛ будет считаться исполненной.
В третью очередь, погашается обязанность по уплате страховых взносов, которая также самостоятельно осуществляется налоговым органом не позднее следующего дня после поступления уведомления об исчисленной сумме страховых взносов или представления расчёта по страховым взносам.
Далее списывается недоимка по иным налогам (сборам, страховым взносам), начиная с наиболее раннего момента её возникновения. Затем погашается обязанность всех остальных налогов, авансовых платежей, сборов по текущему сроку уплаты, и уже затем, пени, проценты, штрафы.